最近的实验[醒来时,m . et al .,端到端叠加和液晶完全凝结6到20 DNA工器。科学2007;318:1276 - 1279]演示了自发的端到端协会短双螺旋DNA片段到长棒状结构。通过广泛的所有原子分子动态模拟,我们双螺旋DNA的端到端交互特征,定量描述了力量,自由能和端到端协会的动力学过程。我们发现短DNA工器自发聚合的端到端轴向对齐时单价电解液的体积小。观察到,静电排斥5 {\ textquoteright}磷酰基团体提升形成聚合物的构象与b形式类似DNA双螺旋结构。应用一个外力透露,端到端装配发生破裂的剪切终端碱基对。标准的结合自由能和动能的端到端协会和离解过程估计使用两种互补的方法:伞抽样模拟两个DNA片段和直接观察聚合过程的系统包含458个DNA片段。我们发现端到端短程力,有吸引力,疏水性,只有弱依赖于离子浓度。叠加自由能之间的关系,讨论了端到端吸引以及可能的端到端交互的角色在生物和纳米系统。