纳米孔力光谱学(NFS)已经成为一种方便的方法来描述单个生物分子和生物分子组件的行为下的力量。NFS传统单分子技术相比,具有很多优点,比如label-free和高吞吐量;不过,NFS缺乏直接控制应用于生物分子的力和寄存器间接诱发的构象转变力量,通过监测通过孔隙的离子电流的变化。在这一章,我们描述所有原子分子动力学模拟可以通过提供信息访问NFS补充实验的实验。本章说明了分子动力学(MD)方法的应用来解释NFS测量的结果,描述所涉及的力量并确定观察到的现象的微观起源。重要的技术方面的方法,以及它的缺陷和局限性简要讨论。