尽管蛋白质调节高度有序的DNA组织\在活的有机体内、理论研究表明DNA同源工器甚至可以优先把彼此缺乏蛋白质。这里我们将分子动力学模拟与单分子荧光共振能量转移的实验检查双螺旋DNA之间的相互作用的精胺,一种生物聚阳离子。我们发现at富集DNA工器关联比GC-rich复式公寓更强烈,不管序列同源性。甲基胸腺嘧啶作为立体块,把精胺从主要凹槽interhelical区域,从而增加DNA {\ textendash} DNA吸引力。事实上,甲基化的胞核嘧啶之间的吸引力GC-rich at富集之间的DNA的DNA。最近的全基因组染色体组织研究表明,远程接触频率较高at富集和DNA甲基化,建议直接DNA {\ textendash} DNA的相互作用,我们在这里报告可能扮演一个角色在组织染色体和基因调控。