DNA分子的自发组装成紧凑的结构在生物系统是普遍的现象。实验表明,聚阳离子可以将静电self-repulsion DNA的吸引力,然而DNA凝聚的物理机制仍然难以捉摸。在这里,我们报告原子的分子动力学模拟的结果,阐明致密的微观结构DNA的物理组件和交互,使这些组件成为可能。DNA的复制设置冷凝实验中,我们测量DNA阵列作为一个函数的内部压力的DNA {\ textendash} DNA距离,显示定量之间的协议我们的模拟结果和实验数据。MD轨迹的分析确定了DNA的DNA {\ textendash} DNA力量凝结成对,DNA凝聚的聚阳离子的静电学而不是水化和桥接阳离子的浓度,不吸附阳离子,确定大小和DNA {\ textendash} DNA的符号。最后,我们模拟定量特征DNA DNA阵列的方向相关性以及DNA和阳离子的扩散运动。