核酸纳米颗粒(NANPs)是一个新兴的类可编程结构可调的形状和功能。承诺作为基本工具生物物理学研究、分子传感、和治疗应用程序需要为他们的检测和表征方法在单粒子的水平。在这项工作中,我们研究电泳运输个人环形和方形NANPs通过固态纳米孔。在最佳的纳米孔尺寸范围,粒子必须通过变形,大大增加其孔隙内的停留时间。这样的反常地长时间居留许可证检测picomolar大量NANPs高跨膜纳米孔进行测量时的偏见。对于NANP混合物,单个粒子穿过纳米孔的类型可以从分析有效地确定一个电脉冲。分子动力学模拟提供洞察NANPs运输机械屏障和证实信号振幅的差异观察粒子的两种类型。我们的研究作为依据label-free软programmable-shape纳米粒子的分析。