@article{282,标题={老狗新把戏:改善生物分子力场的准确性由pair-specific修正键作用力},杂志={物理化学化学物理},体积={20}={2018},月={03/2018},页面={8432 - 8449},文摘= {

与普通聚合物相比,绝大多数的生物大分子采用高度有序的三维结构,定义其功能。的关键生物高聚物折叠成一个独特的3 d结构或几个生物聚合物的组装成一个功能单位是一个微妙的平衡之间的吸引力和排斥力,也使得这种生理条件下自组装可逆的。所有原子分子动力学(MD)方法已经成为一个强大的工具为单个生物分子的研究及其功能组件,包括日益复杂的系统。然而,并行计算技术的进步超过了潜在的发展理论模型{\ textemdash}分子力场,使医学方法进入未经测试的范围。最近的医学方法的测试发现最常用的分子力场的平衡,高估了有吸引力的指控和疏水基团之间的相互作用,可以促进MD模拟人工聚合多组分的蛋白质,核酸,脂质系统。提高力场的途径之一是通过NBFIX修正方法,在分子间作用力对实验测量校准量如渗透压,使原子pair-specific调整键作用力。在本文中,我们审查的发展NBFIX修正琥珀CHARMM力场和讨论他们对电解质溶液,MD模拟密集DNA系统,霍利迪路口,蛋白质折叠和脂质双分子层膜。

},作者doi = {10.1039 / C7CP08185E} = {Jejoong Yoo和阿列克谢Aksimentiev}}