它已成为可以区分不同的核苷酸序列的DNA分子通过测量离子电流通过一个狭窄的孔隙含有DNA。协助实验解释这样的结果测量和改进DNA序列检测方法,我们开发了一种计算方法,具有原子级精度和计算效率要求预测DNA的纳米孔离子电流sequence-specific差异。在我们布朗动力学方法,离子和DNA之间的相互作用是描述三维的潜力意味着迫使地图确定0.03 nm决议从所有原子分子动力学模拟。虽然这个原子水平布朗动力学方法计算工作产生结果数量级小于所有原子分子动力学要求,我们这里显示的离子分布和离子电流两种方法预测的同意。最后,用布朗动力学方法,我们发现一个小孔隙内的DNA序列的变化可以导致大的离子电流的变化,并与所有原子分子动力学验证这个结果。