单分子测序的脱氧核糖核酸(DNA)使用纳米孔是一个革命性的概念,因为它结合了潜在的长阅读长度(\ > 5 kbp)高速(1 bp / 10 ns),而无需昂贵的放大过程由于精美的单分子敏感性。实现这个概念变得明亮的前景。所需试剂,节省的成本加上纳米孔测序速度1000美元的基因组内掌握的地方。然而,挑战仍然存在:高保真读取需求严格控制孔隙的分子构型和易位动力学。分子的配置决定了离子通过孔隙接触核苷酸,而易位动力学影响的时间间隔相同的核苷酸在收缩的数据获得。蛋白质像α-hemolysin及其突变体提供极其精确的自组装纳米孔和演示了识别单个核苷酸的设施,但目前很难设计蛋白质结构从头开始,这使得裁剪测序基因组DNA的孔隙。在固态纳米孔膜已经被提议作为另一个选择,因为制造的灵活性和易于集成到一个测序平台。初步结果表明,通过仔细控制孔的尺寸和形状的电场,通过孔隙控制DNA的易位是可能的。此外,不同的DNA碱基对之间歧视可能是可行的。因此,纳米孔承诺廉价、可靠、高通量测序,推力基因组科学到个人医学。