DNA纳米技术已成为设计自发插入和完全可控合成离子通道的有希望的方法。然而，存在现有的基于DNA的膜通道的插入效率和稳定性留下了很多改进空间。在这里，我们证明了一种克服不利的DNA {\ Textendash}脂质相互作用的方法，该脂质相互作用阻碍形成稳定的跨膜孔。我们的全部Atom MD模拟和实验表明，插入驱动胆固醇修饰可导致末端底座切屑的DNA构建体磨损，当嵌入脂质双层时扭曲它们。重要的是，我们表明，没有骨干不连续性的DNA纳米结构形成更稳定的导电孔，并以比当量的切屑构建体更高的效率插入膜中。此外，缺少缺口允许在脂质双层内的倾斜取向上设计和维护膜跨越螺旋。因此，降低DNA纳米结构的构象自由度使得能够更好地控制它们作为合成离子通道的功能。