在薄的人造纳米孔膜已成为高通量单分子操纵的便利工具和分析。因为他们的小尺寸和能力有选择地传输溶质通过,否则不透水膜,在纳米生物纳米孔有许多潜在的应用。对于大多数应用程序来说,纳米孔的属性系统必须描述在原子层面上,目前的极限之外的实验方法。分子动力学(MD)模拟可以提供所需的信息,然而一些技术挑战必须见过这个方法可以应用于合成纳米孔系统。在这里,我们强调我们的最近的工作在建模合成纳米孔最常见的类型。首先,我们描述了一个新颖的图形工具,设置所有原子系统中加入无机材料和生物分子。接下来,我们说明了硅的医学方法的应用、氮化硅、聚对苯二甲酸乙二醇酯纳米孔。再往下,我们描述一个建模方法合成表面使用一个偏见的潜力。未来的发展方向为工具开发和纳米孔建模本文最后简要讨论。