限制内切酶普遍地用于DNA重组技术,因为他们将因此稳定绑定到一个特定的目标序列,在代数余子式的存在,打通双螺旋DNA具体目标序列在一个较高的率。使用合成纳米孔以及分子动力学(MD),我们已经分析了原子分辨率的一个典型的限制性内切核酸酶,EcoRI,与DNA结合的目标序列——GAATTC在缺乏镁(2 +)离子辅助因子。我们曾表明,渗透的DNA有电压阈值绑定到限制性内切酶通过纳米孔与破裂所需nanonewton力量相关联的复杂。通过引入突变的DNA,我们表明,该阈值取决于识别序列和尺度线性离解能,独立于孔隙几何形状。预测突变的影响在一个碱基对的自由能离解,MD用于定性等级债券EcoRI-DNA复杂的稳定性。我们发现第二个基地目标蛋白质序列表现出最强的绑定,紧随其后的是第三和第一基地,即使影响绑定的旁侧序列,确凿的实验。