分子建模是主张是在生物研究和发展的一个关键方法。分子建模提供了纳米尺度的图像分辨率原子甚至是电子,预测纳米尺度上相互作用的陌生的生物和无机材料的组合,为重新设计生物聚合物的纳米使用和评估策略。方法见本文通过回顾三个案例研究。第一个涉及到使用单壁碳纳米管作为生物医学传感器,计算高效,准确,描述生物分子在纳米管电子特性的影响通过nanotube-biomolecule互动发展;这种发展提供测试纳米管电子性质的能力在现实的生物环境。第二个案例研究涉及到使用纳米孔硅化合物转化为电子nanodevices基于单分子的电子记录,特别是DNA测序。建模结合经典分子动力学,材料科学和设备物理描述生物聚合物之间的相互作用,如DNA,与硝酸硅和氧化硅毛孔,提供准确的孔隙易位过程的动态图像,并预测信号。第三个案例研究涉及纳米脂质影响的发展嵌入式研究膜蛋白和胆固醇。分子建模测试支架蛋白,重新设计的载脂蛋白哺乳动物血浆中发现的盘状的膜在合适的形状,并预测组装以及nanodiscs的最终结构。在全新的技术领域,如生物定性概念,照片和建议是非常必要的; these three case studies document that molecular modeling can serve a critical role in this respect, even though it may still fall short on quantitative precision.