% 0期刊文章% J理论和计算化学杂志2014% % D T非结构化的单链DNA的粗粒度模型来源于原子论的模拟和单分子实验% Christopher Maffeo %的非政府组织,Thuy T . m . %哈,Taekjip %阿列克谢Aksimentiev % X

单链DNA的一个简单的粗粒度模型(ssDNA)开发,以每个核苷酸表示只有两个网站的中心支柱的质量和糖/碱组。在模型中,以保税表描述的网站之间的相互作用势优化复制DNA的解决方案结构中观察到原子的分子动力学模拟。各向同性势描述nonbonded交互,隐式地考虑溶剂条件匹配实验确定ssDNA回转半径。非结构化的模型再现了实验测量force-extension依赖DNA链穿过2数量级的作用力。证实了模型的精度测量端到端距离的dT14片段通过使用光学镊子烦恼而伸展的分子。模型提供了简单的概括系统含有双链DNA和DNA结合蛋白质。

% B化学理论和计算% V杂志10% 2891 - 2896 P % 8 08/2014 % G eng % U http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct500193u % N R 10.1021 / ct500193u 8%