所有活细胞细胞膜通道中扮演关键的角色。由于最近进展蛋白质晶体学、原子水平结构为代表的膜通道已经变得可用。通过这些渠道运输的材料,然而,是一个动态的过程,不能完全理解从静态结构信息。分子动力学模拟是一个独特的位置来描述动态信道传输的情况下,通道蛋白的结构是已知的。然而,模拟通道的渗透率和浇注在脂质双分子层的本地环境和水与100000 - 300000原子涉及大型系统。

本综述重点介绍四个案例研究说明了分子动力学模拟的力量,在解开机制膜通道的功能。模拟AQP水通道的一个典型的例子的有效性和实用性分子动力学模拟传导和解释选择性。通过氯离子渗透通道的详细的能量分析提出了一种两离子渗透机制相自然结构和生理数据。研究离子和水渗透通过溶血素是如何准确地一个可以模拟今天甚至非常大的膜通道系统。最后,msc的机械控制的研究表明,分子动力学可以账户甚至复杂的渠道控制动作。