% 0期刊文章% J Biophys % D 2009% T结构,动力学,和离子电导受五聚物%一个阿列克谢Aksimentiev克里斯托弗Maffeo % % K钙结合蛋白% K细胞膜% K计算机模拟% K细胞质% K人类% K疏水性和亲水性交互% K离子% K脂质影响% K胶束% K模型,分子% K蛋白质Multimerization % K蛋白质结构,第四纪% X

52-residue膜蛋白,受(PLN)是一种抑制剂的腺苷-triphosphate-driven钙泵,Ca2 +腺苷三磷酸酶。尽管Ca的抑制2 +腺苷三磷酸酶涉及PLN单体,在脂质双分子层膜,PLN单体形成稳定的五聚物未知的生物功能。最近的核磁共振PLN五聚物的结构描述了细胞质螺旋线延长正常的双分子层所谓的吊钟花构象。显示跨膜螺旋结构形成一个疏水孔隙直径4 a,这是让人想起早些时候的报道可能通过PLN五聚物离子电导。然而,最近烦恼测量建议另一种为PLN五聚物结构,称为纸风车模型,这档节目的特点就是一个狭义的跨膜孔隙和细胞质螺旋线,双分子层。在这里,我们报告结构动力学和电导特性PLN五聚物的所有原子(AA)和粗粒度(CG)分子动力学模拟。我们AA风铃草模型的模拟表明,在脂质双分子层膜或洗涤剂胶束,细胞质螺旋线进行大型结构的波动,而跨膜孔隙收缩,变得不对称。中可观察到类似的跨膜区域不对称AA纸风车模型的模拟;细胞质双层螺旋保持接触。使用CG方法,结构动力学模型研究了微秒的时间尺度。CG风铃草的细胞质螺旋模型观察倒在双分子层,而在CG纸风车模型细胞质螺旋保持稳定的构象。 Using steered molecular dynamics simulations, we investigated the feasibility of ion conductance through the pore of the bellflower model. The resulting approximate potentials of mean force indicate that the PLN pentamer is unlikely to function as an ion channel.

% B Biophys J % V 4853 - 65 P % 96% 8 2009年6月17% G eng % N R 10.1016 / j.bpj.2009.03.053 12%