钙离子(Ca2 +)扮演关键角色在各种基本的生物过程,如细胞信号和大脑功能。分子动力学(MD)模拟被用来研究这种交互,然而,Ca2 +模型的准确性提供了标准的M D力场没有严格测试。这里,我们评估Ca2 +的性能模型的最受欢迎的经典力场琥珀和CHARMM通过计算模型化合物的渗透压和dna dna国米的自由能源法案的年代。我使用两个标准模型模拟执行,Ca2 +离子被认为形成人工集群与氯乙酸、磷酸和物种;的渗透压CaAc2and CaCl2solutions的一小部分实验值为力场。使用标准的参数化模拟Ca2 +离子的钙离子介导的DNA DNA定性离子相互作用会导致错误的结果:琥珀和CHARMM模拟表明inter-DNA吸引力而强劲,在实验中,DNA分子互相排斥。Ca2 +人工的吸引力足以影响DNA磷酸盐的方向电动field-driven易位的DNA通过固态纳米孔。解决这些缺陷的标准Ca2 +模型,我们引入水合Ca2 +离子的自定义模型和显示,使用我们的模型将上面的MD模拟的结果与实验定量协议。Ca2 +的改进模型可以方便地应用于各种生物分子系统的MD模拟,包括核酸、蛋白质和脂质双分子层膜。