最近的计算技术的进步使蛮力分子动力学(MD)模拟蛋白质折叠使用基于物理分子力场。提供的广泛的抽样的蛋白质构象模拟显示,然而,相当大的压实蛋白质构象的展开状态,这是不符合实验。在这里,我们表明,一组手术修正nonbonded nitrogen-carboxylate氧气和脂族胺碳碳原子对之间的相互作用可以大大提高蛋白质折叠模拟的现实主义。具体来说,我们表明,采用修正500年∼μs所有原子replica-exchange WW的MD模拟域和villin头片蛋白质变性的大小增加蛋白质的构象和不破坏蛋白质的天然构象。除了使各自的折叠构象全球最小自由能景观在室温下,我们的修正也使自由能景观顺畅,大大加速了折叠动力学和,因此,减少蛋白质折叠模拟的计算费用。