通过所有原子分子动力学模拟,探索利用纳米孔薄膜合成DNA结合蛋白质的探测和识别。繁殖的设置一个典型的实验中,我们模拟电场驱动的运输DNA-bound蛋白质通过纳米孔直径小于蛋白质。作为模型系统,我们使用限制性内切酶EcoRI和BamHI特别是非绑定到一个片段dsDNA、链霉亲和素和NeutrAvidin蛋白质绑定到dsDNA ssDNA通过生物素链接器。我们的分子力学模拟阐明nanopore-induced protein-DNA复杂,破裂的有效力量应用于dna蛋白质电泳力债券的纳米孔,和破裂中的DNA-surface交互作用的过程。我们评估能力的纳米孔离子电流和当地的静电势以嵌入式电极报告捕获的DNA,捕捉DNA-bound的蛋白质,断裂的DNA蛋白质键。我们发现压力变化dsDNA可以揭示protein-DNA复杂的断裂通过改变纳米孔离子电流和嵌入式电极的潜力。模拟结果的基础上,我们提出了一个新的方法来检测的DNA结合蛋白质利用剥带切口的双链下的电泳力纳米孔。