电动field-driven易位的DNA链通过生物纳米孔已被证明产生封锁的纳米孔离子电流取决于链的核苷酸组成。耦合生物纳米孔MspA DNA处理酶使DNA测序技术通过测量离子电流封锁。然而,物理机制使DNA序列读出仍然待定。在这里,我们报告所有原子分子动力学模拟的结果,阐明离子电流的物理机制在生物纳米孔MspA封锁。我们发现排开的水的纳米孔的DNA链决定了纳米孔离子电流,而DNA核苷酸的空间和base-stacking属性确定排开的水。出乎意料地,我们发现DNA的有效力量MspA接受大的波动,这可能产生DNA序列中插入错误读数。