蛋白质纳米孔分枝杆菌smegmatis孔蛋白(MspA),可用于中的单个核苷酸的DNA,可能使一种称为纳米孔测序的技术。在这种技术中,单链DNA electrophoretically穿过纳米孔和结果在一个nucleotide-specific离子电流。然而,传输速度高的纳米孔内的DNA,离子电流不能用来区分在噪声信号。通过广泛的(~ 100μs)所有原子分子动力学模拟,我们检查带正电的残留物对DNA的影响易位率和离子电流在MspA封锁。模拟的几个精氨酸突变显示~ 10 ~ 30倍减少DNA的易位速度没有消除核苷酸感应电流阻塞。比较我们的结果与类似工程的努力在一个不同的纳米孔(α-hemolysin)揭示了一个重要的效应的纳米孔几何突变纳米孔的离子电流封锁。