纳米孔检测已成为一个通用的方法来检测和生物分子的识别。目前,研究人员依靠经验和直觉来选择或修改纳米孔检测目标分析物。字段将大大受益于一个计算方法,可以与纳米孔的量子几何和分析物封锁纳米孔电流。现有的计算方法是计算太贵了在实验室里经常使用或不够敏感占孔隙和分析物的原子结构。这里,我们展示一个健壮的和廉价的计算方法空间排斥模型(SEM)的纳米孔conductance-that比所有原子MD数量级效率更高,但足够敏感占原子结构的纳米孔和分析物。该方法结合了有限元求解器的计算效率和纳米孔导图产生的原子精度前所未有的离子电流预测的速度和精度。我们验证SEM方法通过比较当前封锁计算使用一系列蛋白质的所有原子分子动力学方法局限于固态纳米孔,生物通道嵌入脂质双分子层膜和封锁电流所产生的DNA在MspA均聚物。我们说明了SEM的潜在应用,通过计算封锁电流产生的核小体蛋白质在固态纳米孔,在MspA个别氨基酸,通过测试点突变在氨基酸分辨率的影响。我们期望SEM方法成为未来发展不可分割的一部分的纳米孔传感领域。