分子动力学(MD)模拟已成为一种标准的方法,设计合理的实验研究和解释DNA通过纳米孔易位。医学的方法,然而,提供了多种算法,参数,和其他协议的选择可以影响结果数据的准确性和计算效率。在这一章,我们研究医学博士提供的最受欢迎的选择方法,寻求最优的一组参数,使最高效、准确计算模拟的DNA和离子运输通过生物纳米孔。特别是,我们检查的影响短程截止,一体化步伐和力场参数对温度和浓度依赖的散装离子电导率、离子配对,离子溶剂化作用能量,DNA结构,DNA-ion交互,通过纳米孔和离子电流。