% 0期刊文章% % D J核酸研究2020% T MrDNA:多分辨率模型预测DNA的结构和动力学系统% Maffeo阿列克谢Aksimentiev克里斯托弗•% % X

虽然DNA结构纳米技术领域开创一直以惊人的速度发展,新创复杂的三维纳米结构的设计和功能的设备仍然是一个费力而费时的过程。一个原因是需要多个周期的实验表征上阐明设计选择的影响自组装的实际形状和功能对象。这里,我们演示一个多分辨率仿真框架,mrdna,,在30分钟或更少,可以产生一个atomistic-resolution DNA综合自组装结构。我们演示富达mrdna框架通过直接比较仿真结果与低温电子显微镜的结果(低温电子显微镜)重建多个DNA折纸3 d对象。此外,我们表明,我们的方法可以描述的整体构象采用动态DNA纳米结构,DNA的平衡结构和动态对象构造使用off-lattice自组装原理,即对象,线框DNA和DNA的性质研究对象在各种环境条件下,如应用电场。作为一个开源实现Python包,我们的框架可以扩展社区和与DNA分子图形设计和集成工具。

% B核酸研究% 10.1093 G eng https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa200/5814051 % % U R / nar / gkaa200