使用纳米孔测序DNA迅速,以较低的成本有可能从根本上改变基因组研究领域。然而,尽管所有的令人兴奋的发展领域,使用纳米孔测序DNA还没有被证明。中许多问题阻碍发展的纳米孔测序方法是当前实验技术无法观察DNA构象在纳米孔,直接与系统的微观状态的测量信号。我们最近发现,这样的任务可以通过计算。本章提供了逐步说明如何构建原子尺度模型的生物和固态纳米孔系统,使用分子动力学方法来模拟电field-driven离子运输和DNA通过纳米孔,并分析这种计算实验的结果。