纳米孔已被证明有用的作为一种手段来测定DNA和积极开发为基础的基因组测序方法。发夹DNA (hpDNA),同时拥有双螺旋和悬臂线圈部分,可以被困在纳米孔,给足够的时间来执行一系列测量。在本文中,我们提供了一个详细的帐户hpDNA交互合成纳米孔通过广泛的所有原子分子动力学模拟。合成毛孔与最小直径从1.3到2.2海里,我们发现hpDNA可以通过三种方式:把解开的双螺旋结构和——在两个不同的方向——拉伸/扭曲的双螺旋结构。此外,这些模式可以选择一个适当的选择的孔隙大小和电压横向膜。我们证明hpDNA的存在可以显著改变离子的分布在孔隙内,大大影响了离子电流通过。在实验和模拟,离子电流相对于没有DNA可以低于10%,上涨超过200%。模拟将前者与双螺旋占领积累的收缩,后者通过收缩的DNA。