计算模型可以是一个有用的生物技术的合作伙伴,特别是在nanodevice工程。通过纳米级视图建模指导开发的生物分子和设备不可以通过实验成像方法。我们说明计算模型的作用,主要是分子动力学,通过四个案例研究:发展硅bionanodevices单分子电子记录,体内碳nano-tube-biomolecular系统传感器的发展,发展的脂蛋白nanodiscs化验的单一的膜蛋白,氧气和工程公差为光合作用的酶氢化酶生产氢气。四个案例研究表明,分子动力学方法是适应特定的技术使用通过(i)多尺度扩展,(ii)快速量子化学力场评估,(iii)粗粒化和取样方法(iv)小说。提供关键信息采用分子动力学模拟显示设备的行为和发展机遇,认为“计算显微镜”是不可或缺的纳米工程工具。