% 0期刊文章% % D J Biophys 2007% T结构改进的探讨adhesin使用分子动力学%的菜肴,Binquan %凯弗雷,阿列克谢Aksimentiev马丁% % K丰富,细菌% K细菌外膜蛋白% K计算机模拟% K结晶学,X % K模型,分子% K脑膜炎奈瑟菌% K蛋白质结构,三级% K热力学% X

探讨从脑膜炎奈瑟菌、脑膜炎球菌性脑膜炎和败血症的病原体,是不可或缺的外膜蛋白,促进了脑膜炎球菌粘附易感细胞的蛋白多糖受体通过绑定。两种结构的探讨已经由2 x射线衍射分辨率,揭示细胞外循环中截然不同的构象,蛋白质域与蛋白聚糖绑定。在第一个结构,一个带正电的裂隙形成的循环1和2被确认为网站绑定蛋白聚糖,而在第二个结构缝隙不明显循环1和2采用不同的构象。调和这些结果,进行了分子动力学模拟在两个结构嵌入在溶剂化脂质双分子层膜。自由水晶接触和结晶剂,观察循环进行大型结构转换,表明环的构象在x射线结晶结构的影响。后续模拟这两种结构的晶体晶格证实了这一结论。基于分子动力学轨迹,我们提出一个模型的探讨,结合稳定可用的x射线结构的结构特点。在这个模型中,所有5个细胞外循环的探讨有稳定的二级结构。导致的循环形成一个漏斗的底部beta-barrel包括酪氨酸暴露面- 169,已与蛋白聚糖绑定。

% B Biophys J % V 3058 - 69 P % 93% 8 2007年11月1% G eng % N R 10.1529 / biophysj.107.106724 9%