% 0期刊文章% J《美国国家科学院刊S % D 2013% T原位DNA折纸的结构和动力学通过分子动力学模拟。%柳,Jejoong %阿列克谢Aksimentiev % K DNA单链% K模型,分子% K分子动力学模拟% K纳米技术% K核酸构象% K水% X

长单链DNA的DNA折纸方法允许折叠与subnanometer精密复杂的3 d结构。透射电子显微镜、原子力显微镜和最近低温电子显微镜断层被用来描述这种DNA折纸的属性对象,然而其微观结构和动力学不为人知。在这里,我们报告的所有原子分子动力学模拟结果,为DNA折纸对象的结构和力学性能以前所未有的微观细节。在水环境中模拟时,DNA折纸结构对象离开他们的理想化目标空间的结果,静电,solvent-mediated部队。而这种放松的构象的全球结构特点符合目标设计,局部变形沿结构丰富、大小不一。相比之下他们的自由溶液构象,霍利迪连接在DNA折纸结构采用左手反平行的构象。我们发现DNA折纸结构进行相当大的时间波动在本地和全球尺度上。这样的结构分析揭示了DNA折纸的局部力学性能波动的对象。大大影响了全球的晶格类型结构抗弯刚度等力学性能。我们的研究表明潜在的所有原子分子动力学模拟来发挥相当大的作用,DNA折纸领域的未来发展提供准确、定量评估局部和全局DNA折纸对象的结构和力学性能。

% B《美国国家科学院刊S % V 20099 - 104 P % 110% 8 12/2013 % G eng % N R 10.1073 / pnas.1316521110 50%