Aksimentiev组

每一个细胞都包含一个蓝图生活形式的DNA,聚合物分子具有独特的物理和化学性质。尽管其突出的作用在中央的生物过程,如复制、转录和修复,单链DNA双链DNA相比,一些研究的主题。是理想的精确计算模型ssDNA协助实验结果的解释。然而,标准的生物分子计算modeling-all-atom分子动力学模拟计算要求模拟甚至短(< 100元)DNA片段。需要一个简单的粗粒度模型。刺激的单链DNA dirth可靠的粗粒度模型,Aksimentiev和Ha组合作创建第一个DNA单链DNA专门优化的计算模型。参数化的组合结构属性提取所有原子模拟和实验中,模型再现了实验测量force-extension依赖的聚(dT)链跨两个数量级的作用力。证实了模型的精度测量端到端距离dT14片段通过使用光学镊子烦恼而伸展的分子。模型的计算需求和高精度低使其在设计中使用的新DNA纳米技术设备和单分子实验的解释。