分析使用NAMD的基础修饰引起的DNA灵活性的变化
DNA是细胞结构和功能的蓝图，这种蓝图的变化可能对细胞的健康以及由这些细胞组成的人和生物的健康产生广泛的影响。在大多数植物，动物和真菌中都发现了一种修饰，即5-甲基胞嘧啶（5-MC），并对基因组稳定性，基因表达和发育产生深远影响。5-MC修饰的已知作用之一是融合了这种修饰的DNA双链体的刚度增加。还认为增加的刚度对受影响的DNA的表达速率有直接影响。除5-MC外，还发现了其他修饰，这些修饰可能会影响基因表达和细胞分化，例如5-羟基甲基胞嘧啶，5-甲基糖苷，5-羧基胞嘧啶，5-甲基尿素和5-羟基甲基甲酸。此外，序列的简单变化也会导致灵活性变化。
为了分析DNA修饰或序列改变引起的灵活性的变化，我们设计了一种协议来使用DNA的全部原子分子动力学任意序列进行模拟，然后分析轨迹以测量这些序列的灵活性。通过模拟对照序列和具有较小改变的序列，我们可以推断出改变对灵活性的影响。通过遵循我们提供的教程，您将能够模拟您研究中重要性的DNA序列，并产生准备纸的数字，概述您修改引起的灵活性差异。