出版物
”扩大dna的分子字母数据存储系统与神经网络的纳米孔读出处理”。纳米快报(2022)。
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”四面体DNA nanorobot与反应分子构象变化触发”。纳米级(2021)。
”疏水相互作用DNA工器和合成和生物膜。”美国化学学会杂志》上143:8305 - 8313 (2021)。
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”电的细胞色素在通过纳米孔收缩易位。”《美国国家科学院刊年代118 (2021)。
si_published.pdf(5.09 MB)
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”膜基于dna的离子通道的活动取决于它的双链结构的稳定性”。纳米快报21:9789 - 9796 (2021)。
si.pdf(1.54 MB)
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”多个单一蛋白的重读single-amino酸分辨率使用纳米孔”。科学374:1509 - 1513 (2021)。
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”DNA折纸电压传感器灵敏度与单分子跨膜电位”。纳米快报21:8634 - 8641 (2021)。
si.pdf(2.41 MB)
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”合成纳米孔Macrocycle Potassium-Selective跨膜运输”。美国化学学会杂志》上143:15975 - 15983 (2021)。
si.pdf(10.35 MB)
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”Foldamer-Based Ultrapermeable和高选择性人工水通道,排除质子”。自然纳米技术16:911 - 917 (2021)。
si.pdf(2.73 MB)
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”操纵的压裂纳米孔的内部疏水性增强肽捕获和识别”。ACS Nano(2021)。
nn0c09958_si_001.pdf(1.59 MB)
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”新兴的单分子测序技术的蛋白质”。自然方法18 (2021)。
”阳离子调节膜依恋和功能的DNA纳米结构”。美国化学学会杂志》上143:7358 - 7367 (2021)。
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”确定的平面定位和绑定模式单一荧光染料在DNA折纸结构”。ACS Nano15:5109 - 5117 (2021)。
si_published.pdf(1.28 MB)
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”通过超薄Nanoslits易位的DNA”。先进材料33:2007682 (2021)。
yang2021si.pdf(1.2 MB)
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”手性系统由DNA”。先进的科学8:2003113 (2021)。
”高保真捕获、线程和无限深度测序单个DNA分子Double-Nanopore系统”。ACS Nano14:15566 - 15576 (2020)。
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”分子动力学模拟DNA - DNA和DNA -蛋白质相互作用”。当前结构生物学的观点64:88 - 96 (2020)。
”可伸缩的分子动力学与NAMD CPU和GPU的体系结构”。j .化学。理论物理。153 (2020)。
”单一蛋白决定了生物冷凝相平衡的崩溃”。期刊。化学。列托人。11:4923 - 4929 (2020)。
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”在离子液体分子运输−二硫化钼纳米孔水电解质界面”。ACS达成。板牙。接口12:26624 - 26634 (2020)。
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”裁剪interleaflet脂质转移dna合成的酶”。纳米快报20:4306 - 4311 (2020)。
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”蛋白质SDS展开:微观机制和SDS-protein组件的属性”。纳米级12:5422 - 5434 (2020)。
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”电气承认二十proteinogenic氨基酸使用aerolysin纳米孔”。自然生物技术38:176 - 181 (2020)。
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”Polyhydrazide-based有机纳米管非常高效和高选择性碘化人工渠道”。《应用化学国际版12:4806 - 4813 (2020)。
si-final.pdf(3.1 MB)
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”玫瑰纳米管名叫离子选择性转运蛋白和单分子传感器”。美国化学学会杂志》上142:1680 - 1685 (2020)。
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”人工水通道启用快速和选择性水渗透通过Water-wire网络”。自然纳米技术。15日:73 - 79 (2020)。
song2019_si.pdf(15.29 MB)
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”MrDNA:多分辨率模型预测DNA的结构和动力学系统”。核酸的研究(2020)。
supplement.pdf(3.94 MB)
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”原子表型:细胞能量代谢的分子设计原则”。细胞179:1098 - 1111。e23 (2019)。
”控制聚合cholesterol-modified DNA纳米结构”。核酸的研究47:11441 - 11451 (2019)。
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”分子机制的自发的核小体解开”。分子生物学杂志431:323 - 335 (2019)。
supplementary_information.pdf(28.94 MB)
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”单分子结构的波动分析DNA纳米结构”。纳米级11:18475 - 18482 (2019)。
”石墨烯纳米孔Step-defect引导交付的DNA”。自然纳米技术(2019)。
gs_si.pdf(3.95 MB)
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”温度和亲水性的影响比结构的聚(N-vinylcaprolactam) -block-poly (dimethylsiloxane) -block-poly多聚体(N-vinylcaprolactam)”。ACS应用高分子材料1:722 - 736 (2019)。
si-aba_sans_revised.pdf(2.84 MB)
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”脂质结构的表征和膜脂质流动性外延石墨烯和石墨烯的相关特性”。朗缪尔35:4726 - 4735 (2019)。
”快速、准确测定纳米孔离子电流使用立体排斥模型”。ACS的传感器4:634 - 644 (2019)。
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”DNA复制和修复机械的分子机制:从微观模拟的见解”。先进的理论和模拟2:1800191 (2019)。
”机电电导调制纳米孔的使用可移动的门”。ACS Nano13:2398 - 2409 (2019)。
supplementary_material.pdf(8.62 MB)
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”动态Lipid-Tethered DNA和磷脂膜之间的相互作用”。朗缪尔34:15084 - 15092 (2018)。
supplementary_information.pdf(2.54 MB)
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”顺序相依DNA凝聚为驱动力的DNA相分离”。核酸的研究46:9401 - 9413 (2018)。
supplementary_material.pdf(11.56 MB)
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”PoreDesigner调优溶质在一个健壮的和高度选择性渗透外膜孔隙”。自然通讯9:3661 (2018)。
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”分子动力学塞停靠到固态纳米孔”。《物理化学快报》杂志上9:4686 - 4694 (2018)。
supporting_information.pdf(1.77 MB)
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”合成DNA酶由翻转每秒10⁷脂质在生物膜”。自然通讯9:2426 (2018)。
dna-scramblase-si.pdf(5.77 MB)
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”Water-compression闸门纳米孔的运输”。物理评论快报120:268101 (2018)。
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”尺蠖运动两个戒指交换到一个线程的偏见布朗扩散代表三体问题”。美国国家科学院院刊》上(2018)。
”老狗新把戏:改善生物分子力场的准确性pair-specific修正键作用力”。物理化学化学物理20:8432 - 8449 (2018)。
si_nbfixperspec.pdf(3.85 MB)
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”光学电压传感使用DNA折纸”。纳米快报18:1962 - 1971 (2018)。
nl7b05354_si_001.pdf(2.72 MB)
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”一个实用指南的DNA折纸的分子动力学模拟系统”。在DNA Nanotechology:方法和协议,编辑Zuccheri, 209 - 229。第二版。卷》1811。在1811年的分子生物学方法。纽约:胡玛纳出版社,2018年。
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”Porphyrin-Assisted对接Thermophage门户蛋白脂质影响:纳米孔工程和表征”。ACS Nano11:11931 - 11945 (2017)。
”DNA分子机制与单链DNA结合蛋白”。核酸的研究45:12125 - 12139 (2017)。
”量化膜Protein-Detergent复杂的交互”。物理化学学报B121:10228 - 10241 (2017)。
”来自生物纳米离子泵水通道”。物理化学学报B121:7899 - 7906 (2017)。
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”Picomolar指纹的核酸纳米粒子使用固态纳米孔”。ACS Nano11:9701 - 9710 (2017)。
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”通过固态纳米孔SDS-assisted蛋白质运输”。纳米级9:11685 - 11693 (2017)。
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”纳米孔检测的蛋白质折叠”。ACS Nano7091 - 7100 (2017)。
nn7b02718_si_001.pdf(12.07 MB)
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”截断的选择性渗透水通道蛋白1在硅片”。ACS生物材料科学与工程3:342 - 348 (2017)。
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”使用石墨烯纳米孔电容器调制分子通量”。物理化学学报B121:3724 - 3733 (2017)。
”无干扰的检测基因生物标记使用合成dipole-facilitated纳米孔dielectophoresis。”ACS Nano11:1204 - 1213 (2017)。
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”机械Double-Nanopore系统捕获的DNA”。纳米快报16:8021 - 8028 (2016)。
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”精制Nonbonded交互参数化改善构象采样和蛋白质折叠动力学模拟”。物理化学快报》杂志上7:3812 - 3818 (2016)。
jz6b01747_si_001.pdf(6.89 MB)
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”Large-Conductance跨膜孔蛋白由DNA折纸”。ACS Nano10:8207 - 8214 (2016)。
supporting_information.pdf(3.19 MB)
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”改进模型的水合钙离子使用经典分子动力学模拟生物分子力场”。生物聚合物105:752 - 763 (2016)。
bip22868呷- 0001 suppinfo01.pdf(921.41 KB)
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”石墨烯纳米孔对蛋白质测序”。先进功能材料26:4830 - 4838 (2016)。
”离子通道由一个Membrane-Spanning DNA双工”。纳米快报16:4665 - 4669 (2016)。
supporting_information.pdf(1.32 MB)
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”分子动力学模拟的DNA捕获和运输在激烈的纳米孔”。ACS应用材料和接口8:12599 - 12608 (2016)。
supporting.pdf(461.04 KB)
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”原位DNA分子力学砖:结构、力学性能和离子导电性”。新物理学杂志18:055012 (2016)。
supporting_information.pdf(7.84 MB)
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”新创重建的DNA折纸结构通过原子的分子动力学模拟”。核酸的研究44:3013 - 3019 (2016)。
”DNA顺序相依离子电流在固态纳米孔超小”。纳米级18:9600 - 9613 (2016)。
supp_triplet.pdf(98.62 KB)
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”水介导的DNA序列通过离子电流封锁在一个生物纳米孔”。ACS Nano10:4644 - 4651 (2016)。
supporting_mspa.pdf(3.61 MB)
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”的直接证据顺序相依控制的双链DNA甲基化之间的吸引力”。自然通讯7:11045 (2016)。
ncomms11045-s1.pdf(1.81 MB)
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”Hydroxymethyluracil修改提高灵活性和双链DNA的亲水性”。核酸的研究44:2085 - 2092 (2016)。
”铰链区加强非特异性阻遏物和DNA之间的相互作用:计算机模拟研究”。《公共科学图书馆•综合》11:e0152002 (2016)。
s1file.pdf(4.91 MB)
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”DNA冷凝物的结构和分子间作用力”。核酸的研究44:2036 - 2046 (2016)。
dnapack_supp.pdf(9.65 MB)
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”胞嘧啶的修改对DNA的影响灵活性和核小体的机械稳定性”。自然通讯7:10813 (2016)。
ncomms10813-s1.pdf(529.11 KB)
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”改进的Amine-Carboxylate和Amine-Phosphate交互参数化分子动力学模拟使用CHARMM和琥珀力场”。理论和计算化学杂志》上12:430 - 443 (2016)。
ct5b00967_si_001.pdf(2.12 MB)
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”Membrane-Spanning DNA的分子动力学通道:电导机制,Electro-Osmotic运输、和机械控制”。《物理化学快报》杂志上6:4680 - 4687 (2015)。
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”电浆纳米孔的捕获、控制位移和DNA测序”。ACS Nano9:10598 - 10611 (2015)。
nn5b04173_si_001.pdf(681.52 KB)
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”高透水人工水通道,自组装成二维数组”。美国国家科学院院刊》上112:9810 - 9815 (2015)。
”减缓DNA运输使用Graphene-DNA交互”。先进功能材料25:936 - 946 (2015)。
adfm201403719呷- 0001 s1.pdf(1.01 MB)
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”离子电导率、结构变形和可编程的各向异性的DNA折纸在电场”。ACS Nano9:1420 - 1433 (2015)。
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”近距离接触与DNA”。J phy提供者物质26:413101 (2014)。
”两个结构场景对蛋白质稳定挂钩。”B J物理化学118:8388 - 8395 (2014)。
”稳定有限元方法修改Poisson-Nernst-Planck方程来确定离子穿过纳米孔”。Commun第一版phy15:93 - 125 (2014)。
”粗粒度模型的非结构化的单链DNA来自原子论的模拟和单分子实验”。理论和计算化学杂志》上10:2891 - 2896 (2014)。
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”在固态纳米孔thermophoretic建模效果”。计算电子杂志13:826 - 838 (2014)。
”单链DNA构象转换和走走停停的纳米孔运输在石墨烯”。自然通讯5:5171 (2014)。
”离子电流的整流纳米孔取决于单价阳离子的类型:实验和建模”。物理化学杂志上的C118:9809 - 9819 (2014)。
”通过缩小孔隙几何形状光滑DNA运输”。生物物理期刊107:2381 - 2393 (2014)。
”原位DNA折纸的结构和动力学通过分子动力学模拟。”《美国国家科学院刊年代110:20099 - 104 (2013)。
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”伸展运动和控制局部加热的固态纳米孔的单链DNA”。ACS Nano7:6816-24 (2013)。
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”竞争结合阳离子双螺旋DNA通过分子动力学模拟显示”。B J物理化学116:12946-54 (2012)。
jp306598y_si_001.pdf(343.44 KB)
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”DNA base-calling从纳米孔用维特比算法”。Biophys J102:L37-9 (2012)。
”端到端双螺旋DNA的吸引力”。核酸Res40:3812-21 (2012)。
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”预测纳米孔的DNA序列依赖性离子电流使用原子水平布朗动力学”。J理论物理化学C Nanomater接口116:3376 - 3393 (2012)。
”减缓DNA通过纳米孔在氯化锂易位。”纳米列托人12:1038-44 (2012)。
”离子通道的建模与仿真”。化学牧师112:6250 - 6284 (2012)。
”对使用固态纳米孔检测DNA-bound蛋白质:从计算机模拟的见解”。电泳33:3466 - 79 (2012)。
”评估石墨烯纳米孔测序DNA。”纳米快报12:4117 - 4123 (2012)。
”分子动力学研究MspA精氨酸突变预测DNA易位和离子电流缓慢封锁的DNA序列的说明”。ACS Nano6:6960-8 (2012)。
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”优化DNA的分子动力学方法模拟和离子运输通过生物纳米孔”。方法杂志870:165 - 86 (2012)。
”改进的参数化的李+,Na +, K +和Mg2 +离子核酸的所有原子分子动力学模拟系统”。《物理化学快报》杂志上3:45-50 (2012)。
jz201501a_si_001.pdf(1.69 MB)
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”通过粘性纳米通道Atoms-to-microns小的溶质运移模型”。芯片实验室11:3766 - 73 (2011)。
”控制纳米环境改善金刚石表面固定化蛋白质的稳定性”。副词功能板牙21:1040 - 1050 (2011)。
”微观视角异构表面的吸附等温式”。J理论物理化学2:1804 - 1807 (2011)。
”金刚石薄膜的表面功能化高度稳定和选择性生物接口”。《美国国家科学院刊年代108:983-8 (2011)。
”通过纳米通道建模的驱使运输的蛋白质”。IEEE反式Nanotechnol10:75 - 82 (2011)。
”整流电流的α-溶血素孔隙取决于阳离子类型:碱系列探测的MD模拟和实验”。物理化学杂志上的C115:4255 - 4264 (2011)。
”纳米孔的分析个人RNA /抗生素复合物。”ACS Nano5:9345-53 (2011)。
”脂质双分子层涂布Al (2) O(3)纳米孔传感器:对混合生物固态纳米孔”。生物医学微器件13:671 - 82 (2011)。
”建模纳米孔测序DNA”。在DNA纳米技术:方法和协议由Zuccheri和布鲁诺Samori编辑,317 - 358。卷》749。方法摩尔。杂志》749。,2011年。
”第三代纳米孔的DNA测序”。在纳米孔:传感基本生物单分子层面的交互编辑的萨米尔·m·伊克巴尔和拉希德·巴希尔,287 - 311。施普林格,2011年。
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”建模的混合纳米系统的生物和合成组件之间的接口”。在模拟在纳米生物,由Kilho编辑加工,43-60。CRC出版社,2011年。
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