使用NAMD的DNA折纸模拟的实用指南
在本教程中,我们使用从Cadnano设计开始的NAMD软件包浏览了DNA折纸的所有原子模拟。例如,我们使用六螺旋缸结构的Cadnano设计,该设计在教程档案中提供。我们将以PDB格式将Cadnano文件转换为全原子结构文件,溶解MGCL中的全原子结构2解决方案,并执行MD模拟。
在本教程中,我们使用从Cadnano设计开始的NAMD软件包浏览了DNA折纸的所有原子模拟。例如,我们使用六螺旋缸结构的Cadnano设计,该设计在教程档案中提供。我们将以PDB格式将Cadnano文件转换为全原子结构文件,溶解MGCL中的全原子结构2解决方案,并执行MD模拟。