Hydroxymethyluracil修改提高灵活性和双链DNA的亲水性

卡森斯宾塞,詹姆士·威尔逊,阿列克谢Aksimentiev,彼得·r·Weigele和Meni Wanunu
核酸的研究44 (5)2085 - 2092 (2016)
DOI:10.1093 / nar / gkv1199助理

氧化DNA 5-hydroxymethyluracil胸腺嘧啶是几个最近发现表观遗传修饰之一。在这里,我们报告的结果纳米孔易位实验和分子动力学模拟,提供洞察这一修改的影响DNA的结构和动力学。当运输通过超薄固态纳米孔,短的DNA片段包含胸腺嘧啶的修改被发现表现出截然不同的,可再生的特性在他们的交通特征,区分他们从修改的分子。分子动力学模拟表明5-hydroxymethyluracil改变的灵活性和DNA分子的亲水性,这也许可以解释我们的纳米孔易位实验中观察到的差异。DNA的改变理化性质产生的胸腺嘧啶的修改可能会影响识别和处理这样的修改由监管DNA结合蛋白质。