Aksimentiev组

“大气离子”的概念是普遍在核酸系统的理论和实验研究,然而空间布置和离子的离子成分的气氛仍然难以捉摸,特别是当几个离子物种(如钠(+)、K(+),和镁(2 +))竞争中和核酸聚阴离子的电荷。补充白和同事的实验研究(j。化学。Soc.2007, 129, 14981),在这里,我们描述离子周围大气层双链DNA通过所有原子分子动力学模拟。我们证明,改善了所有原子的参数化模型可以定量地再现实验ion-count数据。我们的模拟确定大气离子的大小,浓度的离子物种竞争中和电荷的DNA,和阳离子的优惠的网站绑定在双链DNA的表面。我们发现有效的大气离子的大小取决于离子的体积浓度和价:增加或减少大气的大小。附近的DNA,镁(2 +)的浓度强烈增强而单价阳离子。在DNA凹槽,阳离子的相对浓度依赖他们的大部分价值。然而,竞争阳离子的总电荷埋在DNA凹槽是恒定的,补偿~ DNA收取总额的30%。