DNA base-calling从纳米孔用维特比算法

温斯顿Timp,杰弗里·卡莫和阿列克谢Aksimentiev
Biophys J102 (10)L37-9 (2012)
DOI:10.1016 / j.bpj.2012.04.009PMID:22677395助理

纳米孔测序DNA是最有前途的第三代测序方法。它有优越的读取长度、速度和样品需求与最先进的第二代方法相比。然而,base-calling仍然提出了实质性的困难,因为技术是有限的解决与被测信号/噪声比。在这里我们展示一种方法解码3-bp-resolution纳米孔电测量DNA序列使用隐马尔科夫模型。该方法准确性(~ 98%),显示了巨大的潜力甚至与一个贫穷的信号/噪声比。