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蛋白质折叠的单分子研究保留键，以揭示蛋白质折叠途径和难以捉摸的中间折叠状态吸引药物靶标。尽管常规的单分子方法可以检测到折叠中间体，但它们目前缺乏吞吐量，需要精心设计。在这里，我们从理论上表明，通过含有蛋白质的纳米孔的离子电流测量可以报告蛋白质的折叠状态。我们的全原子分子动力学（MD）模拟表明，蛋白质的展开降低了纳米离子电流，这种作用源于离子迁移率在靠近蛋白质方面的降低。使用理论模型，我们表明，尽管折叠和展开状态具有定向和构象异质性，但仍可以检测到折叠 - 折叠过渡产生的离子电流的平均变化。通过分析多种蛋白质过渡的毫秒长的全原子MD模拟，我们表明纳米离子电流记录可以实时检测折叠 - 无折叠过渡并报告折叠中间体的结构。