DNA与单链DNA结合蛋白的分子机制
与单链DNA结合蛋白（SSB）结合的DNA被认为在浸入溶液中时采用许多微观构型。该动画描述了160 mM电解质溶液中SSB65复合物的500 NS平衡模拟。使用绿色范德华（VDW）球描绘了DNA，将蛋白质描述为白人分子表面。没有显示水和离子。在动画过程中，该复合物围绕垂直轴旋转。
在晶体学环境中与SSB结合的DNA的构型通过与相邻蛋白的接触稳定。该动画说明了晶体学环境中SSB – SSDNA复合物的近500 NS平衡模拟。晶体环境的单元包含四个SSB低聚物（浅蓝色）和八个35 nt ssDNA片段（绿色）浸入100 mM电解质溶液中。在模拟开始时，在晶体结构中解析的SSB和SSDNA原子具有晶体学坐标（PDB登录代码：1EYG）。使用绿色的VDW球来突出显示一个晶体学单元细胞，用于SSB蛋白的DNA和分子表面。使用较不详细的分子表面表示，在背景中描绘了晶体学单元细胞的几个副本。没有显示水和离子。
力诱导的SSB SSDNA复合物在精氨酸富的位点破裂。动画描绘了SSB65复合体的破裂。弹簧的自由末端以恒定速率沿垂直轴移开蛋白质。形成DNA主链和碱基的原子分别描述为绿色和浅绿色的VDW球体。每个蛋白质原子都被描述为一个VDW球体，其颜色是从蓝色或青色的四种阴影中选择的，具体取决于原子所属的单体。同时显示了系统的三个视图：两个跟踪与3'（顶部）和5'（底部）末端结合的末端核苷酸的两个视图，以及一种跟踪DNA中心与蛋白质结合的视图（右））。LOOPS L11'和L23之间的DNA结合凹槽的精氨酸残基分别使用橙色和黄色VDW球体显示。在低右象限中，在图中显示了与SSB结合的ssDNA片段的第一个（5'端）和最后一个（3'端）核苷酸的索引。核苷酸以ssDNA的5'至3'末端的升序编号。在大约100 ns的无偏平衡后进行仿真，并持续425 ns。
SSB的酸性C末端尖端无法与SSDNA竞争结合SSB表面。动画显示了持续340 ns的六个模拟之一，该模拟表征了SSB的ssDNA和C末端肽片段的竞争结合。该系统包含15个DT3片段，八个3-氨基酸肽片段以及仅包括水和Na+柜台中和浓度（40 mm）的溶剂。使用VDW球体描绘了DNA，将蛋白描述为白色分子表面，C末端酸性尖端肽片段显示为紫色VDW球。
SSB – SSDNA复合物的长时间模拟显示DNA的大规模运动。该动画说明了含有50 mm K+的电解质中SSB65的10μsMD轨迹。使用VDW球体描绘了DNA，并将蛋白描述为白人分子表面。
SSB复合物周围的静电环境对十微秒时间尺度的影响很小。该动画说明了1100毫米KCL电解质中SSB65的MD轨迹。使用VDW球体描绘了DNA，并将蛋白描述为白人分子表面。
SSB-gG突变体中的酸性尖端花费了很多时间在SSB的二聚体 - 二聚界面上吸附到凹槽上。该动画描绘了170 mM KCl溶液中SSB-GG突变体的10μsMD轨迹。使用VDW球体描绘了DNA，将蛋白描述为白色分子表面，C末端酸性尖端显示为紫色VDW球体。
看到SSB表面上的小凸起的DNA沿SSB表面移动，这与扩散模型一致。该动画突出了在包含50 mm K+的电解质中模拟SSB65期间的仓库事件。VDW球描绘了SSB（浅蓝色）和DNA骨干原子。使用不同的颜色描绘每个核苷酸。为了清楚起见，未显示水，离子和DNA碱基。动画显示了整个10μs轨迹。
一段ssDNA的大规模运动与HTE SSB表面的精氨酸富区之间的SSB表面结合。该动画说明了在170 mM KCl中SSB-GG突变体模拟过程中8个核苷酸ssDNA片段的一致运动。看到核苷酸可以在SSB表面正交到包装路径上移动，并返回原始位置。这些核苷酸的一端保持与DBG（橙色）的结合，另一端仍与N末端精氨酸斑块（黄色）结合。VDW球描绘了SSB原子（蓝色至白色）和DNA骨干原子（绿色）。该动画显示了〜6μs开始的10μs轨迹的1μs摘录