一个实用指南的DNA折纸的分子动力学模拟系统

李陈钰,Jejoong柳,斯科特•迈克尔•斯隆克里斯托弗Maffeo,阿列克谢Aksimentiev
DNA Nanotechology:方法和协议1811 209 - 229 (2018)
DOI:10.1007 / 978 - 1 - 4939 - 8582 - 1 - _15助理

DNA折纸方法利用核酸构建的自组装性质不同的纳米系统。所有原子分子动力学(MD)方法已经成为一个强大的计算工具的对原子水平表征原位DNA折纸对象的结构和物理性质。本章提供了分步指导,构建DNA折纸的量子模型系统,用医学方法来模拟模型,执行基本分析产生的轨迹。