分子动力学模拟DNA - DNA和DNA -蛋白质相互作用

Jejoong柳,大卫Winogradoff,阿列克谢Aksimentiev
当前结构生物学的观点64 88 - 96 (2020)
DOI:https://doi.org/10.1016/j.sbi.2020.06.007助理

所有原子分子动力学方法可以描述DNA和DNA -蛋白质的分子水平的交互系统以一种空前的分辨率。计算技术方面的最新进展允许这种系统的方法揭示了公正的行为在微秒的时间尺度,而增强的抽样方法有足够成熟来描述相互作用自由能定量精度。在这里,我们描述了最近的进展增加这种模拟的现实主义炼油分子动力学力场的准确性,我们强调最近的应用系统优秀的生物感兴趣的方法。