内消旋的晶体结构和对接模拟表明另一种蛋白聚糖的探讨外膜adhesin结合位点
的探讨是一个完整的外膜adhesin蛋白质从脑膜炎奈瑟菌、脑膜炎球菌性脑膜炎和败血症的病原体。它结合唾液酸(SA)包含在上皮细胞表面的多糖。探讨表明,蛋白质的晶体结构采用10-stranded beta-barrel结构,有5个广泛的循环区域的细胞外膜。这些形成裂隙结构,内衬基本残留物,假设作为多糖配体的结合位点。在最近的研究中,一个截然不同的探讨结构获得使用晶体生长从油脂的中间相。比较两种结构的显示,最大的循环(L2),关闭在beta-barrel结束在原来的晶体形式,采用一个更向外扩展的结构达到和蛋白质。形态的差异可能是由于缺乏锌离子的内消旋晶体结晶条件的形式:在最初的结构中,两个锌离子被绑定到外部循环。分子动力学(MD)模拟上执行两个探讨模型脂质双分子层环境中展示了明显的循环流动。这些观察结果支持观点,探讨循环地区能够高度的构象的灵活性。原始的多糖不存在结合位点内消旋晶体形式,并在MD模拟中断。 Docking analysis suggests a putative alternative location for the SA ligand in the new crystal form of OpcA.