Aksimentiev组

跨单元边界的运输生物分子是细胞功能的核心。虽然许多已知膜通道的结构,渗透机制是已知的只有少数。分子动力学(MD)是一种计算方法,可以提供一个准确的描述渗透事件在原子层面,理解所需的传输机制。然而,由于相对较短的时间尺度可以访问这个方法,它是有限的效用。在这里,我们提出一个方法的所有原子模拟电动field-driven运输的大型溶质通过膜渠道,这在几十纳秒可以提供一个现实的渗透活动,要求一毫秒使用传统医学仿真。在这种方法中,静电势的平均分布在膜通道跨膜偏见的兴趣决定首先从所有原子的MD模拟。这种静电势,定义在一个网格,随后应用于带电溶质引导其渗透通过膜通道。我们应用这种方法探讨渗透的DNA链,DNA发夹,α螺旋肽通过α-溶血素。测试方法的准确性,我们计算DNA链的相对渗透速率有不同序列和全球方向。G-SMD模拟的结果被发现是在良好的协议实验。