Aksimentiev组

量子模拟压实核酸能够揭示的生物分子机器的内部运作,然而这样的建模工作的结果敏感地依赖于底层的计算模型的准确性。64年的分子动力学模拟数组平行阳离子−DNA的双螺旋DNA显示相当大的工件磷酸CHARMM交互和琥珀参数设置:DNA的安排和DNA阵列内部的压力被发现与实验相当大的分歧。改善模型,我们调整范德华相互作用参数为特定离子对繁殖实验渗透压二进制电解质离子与生物相关的解决方案。重复DNA阵列模拟使用我们的参数产生的结果与实验一致。我们改进的参数化可以直接应用于各种带电生物分子系统的分子动力学模拟,包括核酸、蛋白质和脂质双分子层膜。