此服务将DNA纳米结构NanoEngineer-1所有原子结构(MMP的格式)PDB的格式。它还生成一个PSF文件使用psfgen 1.6.2和CHARMM36力场MD模拟使用NAMD包,以及粗粒度象PDB和PSF文件。请参见README文件输出中每个文件档案的详细描述。

要求MMP的文件:

1。它必须是一个DNA纳米结构使用NanoEngineer-1 MMP的格式创建的。其他结构(块、纳米管、水晶)创建使用NanoEngineer-1将导致错误。

2。每个残留应该分配与核苷酸(a、T、C、G)。尽管他们在NanoEngineer-1看起来都一样,他们在一个所有原子模型是不同的。你可以分配核苷酸遵循我们的教程视频。

3所示。目前,我们不支持一个封闭的循环DNA的转换。每个DNA链必须有明确的开始(5 '末端)和结束(3 '末端)。

中有一个已知的缺陷NanoEngineer-1有时复杂的DNA纳米结构的错位残留MMP的出口文件。如果MMP的文件已经满足所有的需求,但如果转换失败。有可能是你引起了NanoEngineer-1的bug。解决它,试着用NanoEngineer-1打开MMP的文件保存到另一个文件名。重复这个过程2 ~ 3次。如果这个问题不解决,随时与我们联系。

在这里,我们提供了一个DNA三角形进行测试。

的介绍和NanoEngineer-1的基本用法,请访问我们的教程。

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