1。介绍

在本教程中,我们将简要介绍协议的所有原子分子动力学(MD)模拟使用NanoEngineer-1定制的DNA纳米结构。我们将先介绍基本用法NanoEngineer-1的视频教程。如果你只对使用NanoEngineer-1感兴趣并获得链的DNA序列的实验中,你可以直接进入第二节,跳过休息。

在第三节中,我们将指导您将NanoEngineer-1的设计文件(mmp)所有原子坐标PDB格式使用我们的服务。现在,您可以与任何分子查看器打开你的DNA结构,例如,VMD,妄想,PyMOL, Swiss-PdbViewer等等。

如果你有兴趣在执行所有原子MD模拟来预测你的DNA的平衡结构和功能结构,请继续第四节。在本教程中,我们将使用三角形DNA结构为例。但是,一旦你学会了基本的NanoEngineer-1在第二节,欢迎您继续与自己设计一节3和4。

2。设计一个使用NanoEngineer-1 DNA三角形

NanoEngineer-1是一个流行的软件设计DNA纳米结构。caDNAno相比,它包括一些附加功能:

(1)NanoEngineer-1 3 d空间,允许用户旋转和放大/缩小检查从任何角度的设计。

(2)NanoEngineer-1允许用户创建非DNA螺旋DNA纳米结构特性,这对于caDNAno是不可能的。随着即时可视化,它使设计3 d DNA对象更容易。

(3)没有严格的定义的“脚手架”或“主食”NanoEngineer-1,如那些基于促进定制设计DNA砖。

(4)没有严格的规定对跨界车的位置,和,因此,设计可以包含十字路口。

这段视频介绍了的基本用法NanoEngineer-1 DNA通过展示如何构建一个三角形。

3所示。转换NanoEngineer-1设计PDB格式的所有原子结构

在本节中,我们将把DNA设计从PDB NanoEngineer-1所有原子坐标格式使用服务在网站上。你要做的就是填写您的电子邮件*,给你的工作名称、上传与NanoEngineer-1 mmp的文件创建,选择你的输出首选项,然后点击“提交”。如果你有经验的问题而构建的DNA三角形,您可以下载示例mmp的文件服务页面。

转换完成后,您应该看到一个下载链接。如果没有,电子邮件发送到您的邮箱将包含下载链接。将< jobname > gz的下载文件。您可以提取档案的归档工具(Mac), 7 - zip (windows)或焦油(Linux)。

*我们要求您的电子邮件地址的原因是,对设计有超过10000 ~ 20000碱基对,浏览器可能超时并显示一个错误。在这种情况下,您可能不会看到网页上的下载链接。为了确保您可以让你的输出,服务器将通过电子邮件发送下载链接给你。

4所示。MD模拟DNA折纸在一个明确的解决方案

在获得DNA三角形的psf文件和pdb文件(或定制DNA结构),您可以按照第四章中描述的步骤折纸教程执行所有原子MD模拟。此外,第五章的折纸教程将介绍如何执行一些基本的分析仿真轨迹。