粗粒度的DNA模型
单链DNA的一个简单的粗粒度模型(ssDNA)开发,以每个核苷酸表示只有两个网站的中心支柱的质量和糖/碱组。网站描述使用制表键势之间的交互优化复制DNA的解决方案结构中观察到原子的分子动力学模拟。各向同性势描述nonbonded交互,隐式地考虑溶剂条件匹配实验确定ssDNA回转半径。非结构化的模型再现了实验测量force-extension依赖DNA链穿过2数量级的作用力。一个完整的描述模型发表在《化学理论和计算。
所有必需的配置文件下载。使用模型,一个定制的版本必须整理NAMD使用补丁提供的档案。问题,接触克里斯托弗Maffeo。