ENRG MD折纸结构预测

DNA折纸是一个具有成本效益的方法控制在纳米尺度上,折叠的很长一段DNA链通过一组自定义的互补链。实验描述DNA折纸对于准确的设计是至关重要的,但是是有限的,而低分辨率的技术。一个例外是高分辨率低温电子显微镜(低温EM)重建从“指针”的对象迪茨集团。

需要atomically-detailed计算结构预测领导我们研究使用分子动力学模拟(见对象的指针出版)。我们发现,可以获得高质量的结构使用数量级从理想化的配置由ommiting溶剂和使用更少的资源约束的弹性网指导模拟。你可以探索这些模拟通过MDshowcase NanoHUB。

仿真设置

这个服务产生NAMD配置文件所需要的弹性网引导DNA折纸结构预测仿真。请注意,您必须在自己的工作站上运行模拟,一夜之间可以是一个耗时的过程(几天),尤其对于大型系统。它可能不是能够模拟一个远离平衡态结构最初非常(如有很长的债券caDNAno设计)的开箱即用。多久来衡量仿真可能需要在您的硬件上运行,我们建议测试的协议非常简单的设计。仿真可能需要运行~ 2 ns。对于一个给定的处理器数量,walltime运行一个模拟尺度几乎线性系统中原子的数量。

请直接的任何问题或问题克里斯Maffeo (cmaffeo2@illinois.edu)。

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