Jejoong Yoo收到了他的学士学位在物理和分子生物学从首尔国立大学在2001年,和他2010年从威斯康星大学麦迪逊分校生物物理学博士学位。他目前博士后工作Aksimentiev教授和CPLC Ha教授。

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研究特色:

表观遗传控制DNA的凝结

看到2016年自然通讯。DNA缩合对基因法规很重要。在本文中,我们表明,polyamine-mediated DNA序列和甲基化缩合可以控制的DNA。

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表观遗传控制DNA的灵活性

看到自然Communicatgions 2016。DNA的DNA的灵活性是一个重要的材料属性可以控制nucleosomal DNA的稳定性。在本文中,我们演示各种表观遗传修饰的DNA调节DNA的灵活性。

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物理的DNA凝聚

看到核酸研究2016。Polyamine-mediated DNA凝结是一个有趣的研究领域在软物质物理显示有趣的相行为。然而,MD模拟应用于DNA凝聚有限是因为缺陷的力场。用琥珀力场结合CUFIX修正,我们定量地证明DNA atomstic决议凝结现象。

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DNA折纸纳米技术

看到《美国国家科学院学报》上2013&电影。这是第一个MD模拟研究的DNA折纸。我们表明,医学是一种有效的方法来描述DNA折纸的机械性能。

看到核酸研究2016。新创结构预测使用MD模拟DNA折纸。

看到ACS Nano 2015。第一个医学博士研究电特性的DNA折纸与大集团合作在U剑桥。

看到新的物理2016 J。第一个医学博士研究DNA的砖。

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DNA的渠道

看到JPCL 2015。第一个医学博士的研究仿生DNA频道描述电气,机械和运输特性。

看到纳米列托人2016|ACS Nano 2016。探索各种基于dna的渠道与大集团合作在U剑桥。

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尚nbFIX (CUFIX)琥珀和CHARMM力场

MD力事业如琥珀和CHARMM几十年来已经显示出巨大的潜力。但是,他们的应用程序、分子相互作用(例如,protein-DNA交互)是有限的,由于缺陷的参数。例如,标准的琥珀和CHARMM预测错误签收lysine-peptide-mediated dna dna相互作用力量(见2016 JCTC) !在一系列的出版物,我们证明了简单的修正Lennard-Jones参数可以显著提高分子的现实力量。

下载CHARMM CUFIX Gromacs, NAMD,安东。

看到JCTC 2016分子部队在核酸、蛋白质和脂类。

看到JPCL 2012。CUFIX等离子钠、钾、李、Mg。

看到2016年生物聚合物。CUFIX钙离子。

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蛋白质折叠

看到JPCL 2016。医学社会普遍认同,标准的力场如琥珀和CHARMM预测过于浓缩变性蛋白质的构象。这个缺点是一个重要的障碍,我们必须克服现实的模拟蛋白质折叠的过程或抽样内在无序蛋白质的构象。在本文中,我们证明标准琥珀& CHARMM高估charge-charge和疏水相互作用,导致过于紧凑的变性构象。然后,我们表明,折叠动力学和变性合奏REMD WW的模拟域和villin头片使用CUFIX蛋白质可以显著改善。

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纳米孔测序

看到ACS Nano 2016。生物纳米孔如MspA纳米孔测序是一种很有前途的候选人。在本文中,我们演示了水的作用在决定离子电流通过使用安东supercompter ssDNA封锁。